Своим появлением Mozilla обязана компании Netscape. В конце девяностых годов прошлого века Netscape доминировал на рынке браузеров, однако начинал испытывать все возрастающее давление со стороны Internet Explorer. В отличие от Netscape, который стоил около 30 долларов, браузер Microsoft был бесплатным и к тому же поставлялся вместе с Windows. В итоге Netscape приняла решение передать исходники браузера разработчикам-добровольцам, сфокусировавшись при этом на корпоративных продуктах.

В начале 1998 года Netscape открыла исходные коды свого браузера, а 31 марта того же года официально начала свою деятельность организация Mozilla, которой предстояло заняться координацией разработки пакета приложений Mozilla Application Suite. Именно в основу этого пакета были положены исходники Netscape.

Летом 2003 года после того, как America Online (AOL), родительская структура Netscape, потеряла интерес к разработкам организации Mozilla, появился некоммерческий фонд Mozilla Foundation. А 3 августа 2005 года Mozilla Foundation объявил о создании коммерческого подразделения Mozilla Corporation, которому были переданы все операции, связанные с продвижением браузера Firefox и почтового клиента Thunderbird.

Оглядываясь назад, Митчел Бейкер, председатель совета директоров Mozilla, отмечает, что за прошедшие годы организации удалось проделать огромную работу. Созданный усилиями сообщества пакет Firefox на сегодняшний день является вторым по популярности браузером в мире после Internet Explorer и продолжает наращивать рыночную долю. Недавно в составе организации Mozilla было сформировано новое подразделение Mozilla Messaging, сотрудники которого займутся дальнейшим развитием клиента электронной почты Thunderbird.

В ближайшие планы организации Mozilla входит выпуск третьей версии Firefox, которая сейчас находится на завершающей стадии тестирования. Кроме того, Mozilla разрабатывает версию браузера, предназначенную для использования на портативных устройствах.